Koirarotuja muodostettaessa on aina hyödynnetty enemmän tai vähemmän sukusiitosta. Sen avulla on pystytty luomaan rotuihin nopeasti toivottua yhtenäisyyttä, erityisesti ulkomuodon, mutta myös muiden suunnitellun rotumääritelmän mukaisten ominaisuuksien osalta. Myöhemmin on kuitenkin tunnistettu, että sukusiitos kaventaa geneettistä monimuotoisuutta ja voi lisätä erilaisten perinnöllisten sairauksien riskiä. Näiden vaikutusten ymmärtäminen on nykyjalostuksen keskeisiä lähtökohtia.